Z externích zdrojů bývá na realizaci vědy a výzkumu poskytnuta podpora účelová. Mezi hlavní poskytovatele účelové podpory na FHS UK patří Grantová agentura ČR, Technologická agentura ČR a vybraná resortní ministerstva.

GA ČR

Grantová agentura České republiky (GA ČR) byla ustanovena jako nezávislá instituce podporující základní vědecký výzkum v ČR. Úkolem GA ČR je každoročně na základě veřejné soutěže ve výzkumu a vývoji udělit granty nejlepším projektům základního výzkumu ze všech oborů vědy.

TA ČR

Technologická agentura ČR (TA ČR) je organizační složkou státu, která byla zřízena v roce 2009 zákonem č. 130/2002 Sb. o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací. Technologická agentura ČR centralizuje státní podporu aplikovaného výzkumu a vývoje, která byla do té doby roztříštěna mezi velký počet poskytovatelů. 

NAKI

Programu na podporu aplikovaného výzkumu a experimentálního vývoje národní a kulturní identity (NAKI) je programem financovaným Ministerstvem kultury ČR.

AZV

Agentura pro zdravotnický výzkum (AZV ČR) je organizační složkou státu v přímé působnosti Ministerstva zdravotnictví České republiky. Jejím základním účelem je podpora aplikovaného výzkumu ve zdravotnictví v souladu se zákonem č. 130/2002 Sb. o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací..