Hodnocení vědecké činnosti probíhá na dvou úrovních: národní a vnitrouniverzitní.

Hodnocení vědy na národní úrovni zajišťuje Rada pro výzkum, vývoj a inovace (RVVI) a vstupují do něj všechny veřejné výzkumné organizace. Toto hodnocení se řídí „Metodikou hodnocení výzkumných organizací a hodnocení programů účelové podpory výzkumu, vývoje a inovací“, schválenou usnesením vlády ČR z 8. února 2017, č. 107—tzv. „Metodika 17+“, která nahrazuje někdejší „kafemlejnek“ (bodové hodnocení jednotlivých výsledků). Hodnocení je rozvrženo do pěti modulů (kvalita vybraných výsledků, výkonnost výzkumu, společenská relevance, viabilita, strategie a koncepce).

Z národního hodnocení proběhly tři ročníky implementační fáze (2017-2019). Aktuálně se připravuje odevzdávání sebehodnotících zpráv pro moduly M3-M5.

Na jaře 2019 bylo zahájeno vnitřní hodnocení tvůrčí činnosti Univerzity Karlovy, jehož cílem je předně získat informace o aktuálním stavu vědecké činnosti na univerzitě a na jejich základě předložit informace pro budoucí rozvoj. Předmětem hodnocení je jednak kvalita jednotlivých vědních oborů napříč celou univerzitou a dále pak kvalita vědecké činnosti na jednotlivých fakultách. I vnitřní hodnocení UK pracuje s různými kritérii a podklady, především s rozsáhlým posouzením vybraných výsledků zahraničními posuzovateli (peer review), bibliometrií a sebehodnotícími zprávami. Aktuálně probíhá peer review, celý proces hodnocení by se měl podle plánovaného harmonogramu uzavřít 22. 12. 2020.