Hodnocení vědy na národní úrovni zajišťuje Rada pro výzkum, vývoj a inovace (RVVI) a vstupují do něj všechny veřejné výzkumné organizace. Toto hodnocení se řídí „Metodikou hodnocení výzkumných organizací a hodnocení programů účelové podpory výzkumu, vývoje a inovací“, schválenou usnesením vlády ČR z 8. února 2017, č. 107—tzv. „Metodika 17+“, která nahrazuje někdejší „kafemlejnek“ (bodové hodnocení jednotlivých výsledků).

Hodnocení je rozvrženo do pěti modulů:

M1: Kvalita vybraných výsledků. V rámci tohoto modulu jsou hodnoceny výsledky (nominované za tímto účelem jednotlivými výzkumnými institucemi) prostřednictvím peer review.

M2: Výkonnost výzkumu (prostřednictvím bibliometrických analýz).

M3: Společenská relevance. Týká se aplikovaného výzkumu a třetí role. Hodnocení v tomto modulu probíhá prostřednictvím sebehodnotících zpráv, které v segmentu vysokých škol zpracovávají jednotlivé fakulty, hodnocena je však univerzita jako celek.

M4: Viabilita (týká se organizace, managementu, infrastruktury a personální politiky výzkumné organizace). V segmentu VŠ probíhá prostřednictvím sebehodnotící zprávy zpracované na univerzitní úrovni.

M5: Strategie a koncepce. V segmentu VŠ probíhá prostřednictvím sebehodnotící zprávy zpracované na univerzitní úrovni.