Fakulta humanitních studií UK systematicky podporuje vědeckou a výzkumnou činnost svých zaměstnanců. Prostřednictvím obsahově i personálně strukturované správy Oddělení pro vědu a výzkum usiluje svým zaměstnancům zajišťovat kvalitní organizační a administrativní oporu při řešení různých úkolů z oblasti vědy a výzkumu.

Vědecká činnost na Fakultě humanitních studií se rozvíjí v oborech, které jsou na fakultě dlouhodobě a tradičně podporovány a rozvíjeny (filosofie, sociologie, historie, sociální antropologie a další) ale i v dalších oborech v souvislosti s mezifakultní nebo zahraniční spoluprací ve vědě a výzkumu (např. gerontologie, psychologie, sémiotika, pedagogika, medicínské vědy apod.). Obecně lze říci, že společným jmenovatelem vědecko- výzkumné činnosti zaměstnanců fakulty je důraz na interdisciplinaritu, mezinárodní spolupráci, a propojení výzkumu s doktorským studiem a výukou.