Distribuce finančních prostředků získaných v rámci institucionálního a účelového financování vědy a výzkumu probíhá v rámci jednotlivých programů, které jsou rozlišeny podle poskytovatele finančních prostředků na:

Interní programy (finanční prostředky jsou poskytnuty Univerzitou Karlovou)

Externí programy (finanční prostředky poskytovány z vnějších zdrojů)

Mezinárodní programy (financování ze zahraničních zdrojů)

Podpora postdoktorandů (finanční a další podpora postdoktorandů)